Плюс пакаджей - простота установки. Их минус - они не всегда
работают правильно (такое было с S/Key в sudo, dhcpd от ISC, squid).
Более правильно ставить дерево портов, регулярно производить его
обновление через CVSup и компилировать всё нужное самим. Кстати,
при этом можно выявить ошибки, сделанные при создании порта и
сообщить об этом в соответствующие органы через send-pr(1).
При построении приложений через ports нужно не забыть делать
CVSup и для /usr/share/mk/ - там находятся make-файлы, необходимые
для компиляции порта.
